Один из способов существенно повысить уровень безопасности - поместить исполняемый модуль PHP вне дерева веб-документов, например в /usr/local/bin. Единственным недостатком такого подхода является то, что первая строка каждого скрипта должна иметь вид:
#!/usr/local/bin/php
#! в начале файла для запуска самого себя.
Для корректной обработки PHP переменных PATH_INFO и PATH_TRANSLATED директива ini cgi.discard_path должна быть включена.